Você não pode fazer isso. A maioria dos aplicativos no Ubuntu não são aplicativos da Web em HTML incorporados em uma API comum, como se estivessem no WebOS ou no novo FirefoxOS. No entanto, o GTK + 3.xe o Qt 4 e 5 usam uma sintaxe CSS especializada para criar temas.
Há alguma documentação disponível na documentação da API do GtkCssProvider . Há também alguma documentação para o Qt na documentação Esquemas do Estilo Qt .
No entanto, mesmo se você criar alguns temas, ele não se aplicará a todos os aplicativos, e qualquer aplicativo ainda poderá forçar seu próprio estilo, se o autor assim desejar.