Existe um plugin compiz que pode manipular o posicionamento das janelas. Chamado de "lugar". Você pode ler mais sobre isso aqui e como configurá-lo.
Estou executando o Ubuntu 11.10 Oneiric com o Gnome Classic e o Compiz.
Quando abro alguns aplicativos, eles aparecem perto da parte superior da tela, abaixo do painel superior. Isso significa que não posso pegar a barra da janela para movê-las.
Existe uma maneira de evitar isso, seja controlando onde o espaço padrão na área de trabalho é abrir novas janelas ou criando algum espaço ao redor do painel superior no qual eles não possam entrar?