Meu entendimento é que ao criar uma unidade USB com o aplicativo Live USB Creator do Ubuntu, é possível reservar algum espaço para armazenar dados e pacotes instalados "no topo" da imagem ISO. Ou seja É bem provável que tudo o que você precise fazer é instalar o flash enquanto inicializado a partir da sua unidade USB.
Veja wiki do Ubuntu para detalhes.
Caso sua unidade USB tenha sido criada sem essa opção (ou seja, algo como "descartar alterações no desligamento" tiver sido escolhido) - Eu tenho medo que o mais fácil seria recriar a unidade, porque é basicamente um sistema de arquivos ISO ( ou seja, uma imagem de CD) e não é suposto ser escrito para uma vez criado.