Você tem uma boa chance de reparar o sistema de arquivos NTFS quando inicializado no Windows e usando as ferramentas do Windows. Veja este link para mais detalhes,
Reparar a tabela de partições e o sistema de arquivos de um pendrive
Muitas vezes, quando um pendrive não funciona, ele não está emparedado, mas o sistema de arquivos ou a tabela de partições está danificado. Isso pode ser reparado com o mesmo tipo de ferramentas usadas nos discos rígidos.
Repare sistemas de arquivos do Windows (FAT e NTFS) com ferramentas do Windows: uma ferramenta gráfica ou a seguinte linha de comando,
chkdsk /f X:
ou se suspeitar de setores defeituosos,
chkdsk /r X:
em que X: é a letra da unidade (letra do volume) da partição de destino, conforme vista do Windows.