Segundo
Você pode reinstalar o vinho, pois parece que é o problema.
Execute isso no terminal: (note que isso pode remover sua configuração de vinho, se você não gostar disso, mude a remoção para remover):
sudo apt-get purge wine && sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade && sudo apt-get install && sudo apt-get install wine
Primeiro
Eu tive o mesmo problema uma vez. Verifique suas fontes: abra um terminal e cole gksu software-properties-gtk
. Se você estiver usando um servidor do Brasil, tente outro servidor, talvez dos EUA.
Se você tiver algum ppa, tente desativá-lo na guia "Outros softwares".