Você não diz se está usando os drivers nvidia mais recentes, o que seria útil para lhe dar uma resposta. Mas, supondo que você tenha os drivers mais recentes da nVidia instalados, tente configurar o nVidia Settings descartando o seguinte em um terminal:
sudo nvidia-settings
Após inserir sua senha, a janela Configurações do nVidia X Server aparecerá e, após ajustar os parâmetros que fazem a tela parecer como você deseja, clique em "X Server Display Configuration" no painel esquerdo e salve suas alterações clicando no botão "Salvar no arquivo de configuração X".
Depois disso, uma reinicialização suave do X será suficiente, mas se você reiniciar a sua máquina também fará o truque. Para reiniciar o X, pressione [Ctrl] [Alt] [F1] para ir para o modo console (somente texto) e soltar o próximo comando:
killall5
Por favor, certifique-se de salvar todos os seus documentos abertos antes de fazer isso, porque o sistema irá encerrar sua sessão sem permitir que você salve nada.
Faça login novamente e veja as alterações. Se sua configuração permanecer, é hora de uma reinicialização de hardware. Faça e verifique.
NOTA IMPORTANTE: ou que você pode soltar o comando nvidia-settings no terminal, ele não permitirá que você salve as alterações. Faça como sugerido e vamos ver o que acontece.
Apenas uma pergunta: qual gerenciador de decoração da janela você está usando? seu problema soa mais como um problema com o Emerald ou algo assim. Desculpe se minha resposta não é o que você esperava.