Eu fiz o upgrade para 12.10, eu estava usando o Unity 2d, mas como ele não existe mais eu mudei para o gnome classic, algo no upgrade parece ter mudado o indicador de mensagem no "Indicator Applet Complete".
Como faço para integrar o Pidgin e o Evolution no indicador de mensagem, existe apenas um botão para iniciar o Pidgin, mas uma nova mensagem não altera a cor do ícone nem aparece na parte suspensa. Além disso, ao minimizar o Pidgin, ele minimiza como uma janela normal, em vez de minimizar o applet. Não há nada no menu da Evolution.
Isso provavelmente está relacionado ao bug: link
Em 12.10, a API libindicate foi descontinuada e uma nova API foi introduzida (libmessaging-menu). Se você observar a página de bug, muitos aplicativos estão sendo portados para essa nova API, incluindo o Evolution e o Pidgin.
Parece que o bug do Pidgin está em andamento pelo menos, então teremos que esperar.
Para isso, deve ser corrigido. Para Quantal você pode usar o PPA de Jason Conti:
sudo add-apt-repository ppa:jconti/gnome3
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade -y
echo "X-MessagingMenu-UsesChatSection=true" | sudo tee -a /usr/share/applications/pidgin.desktop