Você pode usar "smbpasswd -a" para definir a senha do usuário no banco de dados do Samba, sem precisar fazer o login.
Deve ser possível criar um script wrapper simples que chame ambos useradd e smbpasswd -a. O ideal é que o useradd tenha apenas integração para isso e chame smbpasswd -a para você (talvez depois de definir uma opção de configuração), mas ainda não chegamos lá.