Você verá uma pequena queda de desempenho principalmente no disco I / O
A imagem de disco que uma instalação do Wubi fica sem funcionar sobre um sistema de arquivos NTFS que, por natureza, pode se tornar fragmentado. Normalmente, isso é uma quantia insignificante, mas eu a vi ao desenvolver código que faz grandes quantidades de E / S para o sistema de arquivos.
Eu também acredito que o hibernate e o suspend não são totalmente suportados em uma instalação do Wubi.