Sim, houve um bug preenchido para isso. O que você precisa fazer é procurar em seu registro nas máquinas Windows. A chave do usuário atual ou você encontrará uma chave canônica que contém uma versão encypted de suas credenciais do Ubuntu One (usamos OAtuh para isso).
O que está acontecendo é que a nova instalação está tentando reutilizar algumas chaves que foram removidas no lado do servidor, por isso, quando ele tenta fazer qualquer trabalho, isso não dá certo.
Se você tiver problemas com pop em #ubuntuone e procurar por mandel, sou o culpado desse código;)
PS: Geralmente não estou aqui muito, se você tivesse postado isso no launchpad eu teria respondido no mesmo dia, desculpe ...