Eu diria que é por design - o espaço no lançador é bastante limitado, adicionando arquivos , ao contrário de programas não faria muito sentido - as pessoas têm muitos milhares de arquivos diferentes em seus computadores, adicionando a capacidade de fixar alguns, não resolve o problema geral de encontrar arquivos. Facilitar a localização de qualquer arquivo usando o Dash é uma decisão muito melhor. IMO - Unity Dash tenta resolver isso. Também mostra seus arquivos recentes primeiro.
Além disso, considere como o lançador ficaria se você fixasse mais de um arquivo PDF, por exemplo - os botões não têm texto, apenas ícones. Isso seria muito confuso.
No seu exemplo com minecraft - não é exatamente um executável, é um arquivo .jar que é aberto com o programa java - "java -jar minecraft.jar" - então, em certo sentido, ele pode ser visto como um arquivo de dados que pode ser "visto" com java, o mesmo que os pdfs são visualizados com o evince.