Você descreve um bug antigo em algumas instalações do Eclipse. Por exemplo, veja o link Não consigo lembrar qual foi a causa deste problema, no entanto, uma instalação limpa ajudou a resolver o problema.
Especificamente,
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Não use o Eclipse empacotado encontrado nos repositórios do Ubuntu. O empacotamento do Eclipse é um processo difícil e o pacote dos repositórios não é a melhor maneira de instalar o Eclipse.
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Instale o Eclipse a partir do link . É bastante simples de instalar. Eu recomendo instalar em / opt Você pode criar primeiro um diretório / opt / eclipse e alterar o proprietário para sua conta de usuário, portanto, você pode instalar atualizações, etc facilmente.
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Você pode ter que começar do zero com um novo ~ / .eclipse / para que a antiga customização seja limpa e você comece com um novo ambiente.