Isso é possível com o xscreensaver :
1) Instale o xscreensaver
sudo apt-get install xscreensaver xscreensaver-data
2) execute "xscreenserver-demo" uma vez para criar um arquivo de configuração inicial
xscreensaver-demo
3) Edite o arquivo de configuração .xscreensaver no seu diretório home
gedit ~/.xscreensaver
4) Anexar a seguinte linha à lista de programas (no meu caso, diretamente após a linha contendo "unicode -root \n\" )
"Conky" conky -q --window-id=$XSCREENSAVER_WINDOW -c ~/.conkyrc-screensaver \n\
5) Coloque o seu arquivo de configuração conky sob o nome .conkyrc-screensaver em seu diretório home.
Aqui está um exemplo de um arquivo exemplo conky config para exibir o carregamento da cpu:
wget http://pastebin.com/raw.php?i=iBD8bHqj -O ~/.conkyrc-screensaver
6) Inicie o daemon xscreensaver e abra as configurações na janela de abertura
xscreensaver &
7) Selecione "Conky" como protetor de tela
Você pode encontrar mais informações sobre como definir o xscreensaver como protetor de tela padrão em Configurar protetor de tela no Ubuntu .
Fonte: Como: Conky como um protetor de tela para xscreensaver