Este é um bug em nautilus , já que o mesmo não acontece em Trusty (como você descobriu por si mesmo); A explicação para esse comportamento pode ser que nautilus sempre tenta excluir os arquivos alcançados por meio do caminho /home como fisicamente localizados na partição /home , mesmo quando eles são alcançados por meio de um link simbólico para uma pasta localizada fisicamente em outra partição: neste caso, "lixeira" o arquivo como de costume falha porque o arquivo de destino não pode ser movido para o Lixo do usuário, daí a solicitação para excluí-lo imediatamente.