Como o que você descreve pode ser feito com diferentes conjuntos de aplicativos em diferentes áreas de trabalho, o problema agora é reduzido a ter duas áreas de trabalho diferentes em duas telas diferentes.
Ou seja, tenha
Google Chrome, Eclipse, PyCharm
em um espaço de trabalho e
Terminator, VisualVM
em outro espaço de trabalho.
Agora, tenha os espaços de trabalho em telas diferentes.
Isso parece ter sido respondido aqui .
Citando a resposta do link acima,
Se eu entendi a pergunta corretamente, gostaria de poder alternar espaços de trabalho independentemente para cada tela, para que, por exemplo, a tela da esquerda possa estar na área de trabalho 1 e a tela da direita na área de trabalho 3. Isso é suportado por alguma janela gerentes, mais notavelmente XMonad , e eu pessoalmente acho isso extremamente conveniente em uma configuração de cabeça dupla. Além disso, é perfeitamente possível integrar o XMonad com o GNOME sem sacrificar a usabilidade.
Outro comentário útil do link acima,
Posso atestar que o i3 é compatível com ele e acredito impressionante também.
Créditos:
Isto é retirado de this link.
A resposta citada é por Adam Byrtek
O comentário citado é por Gordon Gustafson