O Deja Dup não suporta criptografia completa do sistema, apenas o diretório inicial.
rsync - Eu deveria fazer o backup, depois arquivar a pasta e depois criptografá-la. É muito longo.
arquivo tar do sistema - eu deveria fazer tar e depois criptografar o arquivo. É muito longo.
criptografar o disco rígido externo com cryptsetup e, em seguida, colocar o arquivo tar do sistema lá ou usar rsync - Eu não posso usar o utilitário padrão do Windows para fazer o backup, porque requer ntfs.
Estou certo? O que você recomendaria?
Teste o agente Veeam para Linux, ele criptografa o backup antes de enviá-lo para o armazenamento desde a v2.0. Não posso dizer muito sobre o seu agente Windows, no entanto, como eu esperaria que ele tenha criptografia do lado da fonte disponível também.
O Back in Time oferece suporte ao backup completo do sistema e você pode especificar um HDD criptografado como local de armazenamento de backup. Instale dos repositórios padrão com apt install backintime-common backintime-gnome ou tente uma versão mais atualizada usando seu PPA ppa:bit-team/stable
O BorgBackup irá criar backups criptografados de qualquer coisa que você quiser, incluindo uma imagem de disco inteira. Instale a partir dos repositórios padrão com apt install borgbackup . Ele também tem uma versão mais atualizada do PPA ppa:costamagnagianfranco/borgbackup
Leia esta resposta antes de adicionar os PPAs para que você esteja ciente dos possíveis riscos e benefícios.
A parte da nossa pergunta sobre o Windows está fora do tópico aqui, assim como está fazendo perguntas abertas para recomendações de software. Se você alterar seu título para "O que o software Ubuntu suporta backups completos do sistema com criptografia", será um ajuste melhor para este site, e é com isso que minha resposta lida.