teve o mesmo problema de inicialização dupla, e eles dizem que inicializem o liveecd e instalem algo, mas eu achei tão fácil livecd - instalar grub-customizer e usar o opção "gravar para mbr". reinicie e tudo corrigido.
O Clonezilla salva o mbr original e pode usar o comando linux dd para colocá-lo de volta ou o próprio clonezilla irá colocá-lo de volta para você. Mas não sou habilidoso na maioria das opções de clonezilla.