Eu acredito que encontrei uma resposta para mim mesmo. Não sei exatamente o que resolveu, então vou listar o que tentei e não parece funcionar também.
Primeiro, tentei o driver fglrx . Eu instalei isso usando a guia em "Fontes de software". Quando eu reiniciei, a primeira coisa que notei foi que a tela inicial do Ubuntu só apareceu em dois dos meus três monitores. Em seguida, a tela de login apareceu de forma semelhante em apenas dois monitores. Curiosamente, os montadores não foram "espelhados", como com o driver xserver-xorg-video-ati , mas apenas uma tela tinha o prompt de login, e os outros apenas logos do Ubuntu.
Tendo logado, tentei todos os tipos de formas de configurar a tela usando os controles de exibição do Ubuntu e o ATI Catalyst Control Center, mas nenhuma quantidade de mexidos poderia fazer com que todos os três monitores trabalhassem. Ele dizia que ou o monitor não ligava, ou que não havia memória suficiente, apesar do fato de eu estar usando a cabeça tripla por anos.
No lado positivo, os efeitos 3D pareciam muito mais rápidos, e o traço Unity e o HUD surgiram no topo. Alguns podem considerar isso como uma correção, mas eu ainda estava com um monitor inativo.
Em segundo lugar, eu tentei o driverfglrx-updates , também selecionado em "Fontes de software". Não observei diferenças aparentes para o driver fglrx direto.
Finamente, eu restaurei o driver xserver-xorg-video-ati , e tentei brincar com o Compiz Control Centre (na verdade, eu tentei isso antes, mas não consertei nada).
Depois de muito futzing com Plugins do Compiz que não resolveram o problema, eu finalmente desabilitei o Unity Compiz Plugin . Isso fez com que todos os elementos da UI do Unity desaparecessem. Por um tempo, pensei que tinha costurado porque nenhuma das janelas responderia, mas depois voltaram à vida, outro switcher de aplicativos foi ativado, embora ainda não houvesse uma maneira óbvia de lançar novos aplicativos. Eu então reativei o Unity Plugin , e tudo voltou do jeito que tinha sido, mas com o Dash na frente das outras janelas onde antes ele estava atrás.
Até agora, com os dedos cruzados, o problema não recomeçou, então estou pensando em solucioná-lo. :)