Não há necessidade de fazer backup em outro disco.
No seu caso, você alocou uma partição para casa. Se você só apagar e instalar o Ubuntu existente (partição raiz) home será intocado. então, se você copiar os arquivos em casa, estará seguro.
Basta selecionar apagar e instalar o Ubuntu sobre o Ubuntu existente.
Após a reinstalação, você pode montar a partição inicial existente como no artigo abaixo.
link
Para isso, você deve ter o mesmo nome de usuário.