No caso específico de arquivos para um servidor web, basta dar a propriedade desse diretório para o usuário do ubuntu.
sudo chown -R ubuntu:ubuntu /var/www
Você pode baixar arquivos com facilidade.
Você também pode encontrar algumas informações úteis sobre a configuração do usuário do EC2 no Ubuntu neste artigo que escrevi há um tempo:
Usando sudo, ssh, rsync nas Imagens Oficiais do Ubuntu para EC2 link