É difícil ser definitivo sem um exemplo real de você, mas você pode usar o formulário de matriz da função read
integrada do shell bash, algo como:
while read -ra arr; do cmd "${arr[@]}"; done < file
dado um arquivo
$ cat file
foo some arg 3
bar otherarg 5 -o bar
baz "arg with spaces" -99
então
$ while read -ra arr; do echo cmd "${arr[@]}"; done < file
cmd foo some arg 3
cmd bar otherarg 5 -o bar
cmd baz "arg with spaces" -99
Como alternativa, se seus argumentos de comando forem simples (sem espaços entre aspas, por exemplo), você poderá tentar xargs
, por exemplo,
xargs -L1 -a file cmd