O que eu finalmente fiz foi reinstalar o Ubuntu sem formatar a partição, para que todos os meus documentos e alguns programas fossem preservados.
- Backup de dados
- Inicialize em USB ao vivo (na verdade, usei um Linux Mint 18.3)
- No prompt de destino, escolha "outras opções" (ou algo semelhante) e selecione a partição com o Ubuntu defeituoso
- Selecione / como ponto de montagem (não sei se isso é obrigatório)
- Finalizar a instalação
Desta forma, agora tenho uma instalação limpa com todos os meus documentos anteriores, configurações, etc.