Na maior parte, os pacotes deb vêm com um arquivo md5 contendo assinaturas de todos os arquivos no pacote. Esses arquivos estão localizados em /var/lib/dpkg/info/$pkg.md5sums .
Para simplificar a verificação periódica de todos os pacotes instalados, o pacote debsums pode ser útil. Instale-o, limpe o cache com:
sudo apt-get clean
execute sudo debsums_init para gerar somas md5 para os pacotes que não as fornecem (os pacotes são baixados para gerar essas somas).
Em seguida, edite o arquivo /etc/default/debsums e defina CRON_CHECK=weekly para configurar um trabalho semanal cron para a verificação de débums.
Você pode executar a verificação manualmente com o comando:
sudo debsums -cs
Em relação à integridade das dependências, suponho que o comando:
sudo apt-get -f install
deve sinalizar e tentar resolver qualquer problema encontrado em relação aos pacotes instalados, mas o sistema de gerenciamento de pacotes Debian / Ubuntu é um objeto muito complexo e pode ser muito difícil encontrar e resolver seus problemas.