A única maneira de fazer isso seria corrigir (ou, em alguns casos, remover o patch) todo o código que exibe tamanhos para o usuário e recompilar seu próprio fork do Ubuntu, que tem todos os tamanhos exibidos usando base 8 matemática (que é o que você está pedindo, e não a base 2). É uma mudança muito invasiva, e não é uma coisa específica do Ubuntu, já que os aplicativos upstream já estavam fazendo isso. A política do Ubuntu sobre exibição de tamanho é apenas para esclarecer o assunto e fornecer uma posição oficial.
Não há nenhuma configuração que alterne entre GiB e GB em todos os aplicativos. Se é isso que você está procurando, a única maneira de obtê-lo é manter os patches em tudo, o que faz isso; a menos que você consiga convencer todos os upstreams a usar tal configuração, e forneça patches, que eles aceitam.
Sinto muito se você está procurando uma solução mais simples, mas ela não existe e provavelmente não chegará tão cedo.
