Depois de pesquisar um pouco, acessei este link: link
Basicamente ele usa
dpkg --get-selections > installed-software
para listar todos os pacotes instalados, agora se você puder obter uma lista de alguém que acabou de instalar o Ubuntu ou obtê-lo a partir de uma nova instalação VM e comparar a lista, você tem os pacotes que não estão na instalação.
Além disso, se você quiser apenas remover os pacotes não utilizados, use o zelador (Sistema > Administração > Compter Janitor): -)