Nos volumes montados, o Nautilus não move os arquivos da lixeira para o seu diretório principal de lixo na sua pasta pessoal, já que isso não faria muito sentido para arquivos grandes.
Na próxima vez que você jogar algo no lixo, pressione Ctrl + H ou selecione View Hidden Files no menu. Você notará uma pasta .Trash na sua unidade montada.
O arquivo ainda está na unidade até que você o remova permanentemente. Eu acho que é apenas a maneira do Nautilus ajudar você a manter as coisas organizadas, especialmente porque você pode estar conectando o disco a outros sistemas operacionais.
Suponho que uma maneira de suprimir a caixa de diálogo seria criar sua própria pasta de lixo / temp em cada unidade e mover os arquivos que você quer para o lixo, mas não excluir ainda. Você pode criar scripts / ações do Nautilus para apontar os arquivos para a nova pasta. Como os arquivos estariam na mesma unidade, não haveria sobrecarga (ou seja, a movimentação seria instantânea / não custaria nenhuma cpu) e você não ficaria incomodado com diálogos. Eu pessoalmente tenho uma pequena (partição de 2GB) eu uso como um temp / share com a área do Windows para misc. miudezas. Eu acho que funciona muito bem para tirar conclusões do caminho. Claro que isso não é prático para grandes coisas, mas você tem a idéia:)