Sim e não.
Não há nada no Déjà Dup que o torne especificamente ciente do Dropbox. Por outro lado, Déjà Dup pode ser apontado para um caminho local, então sempre há a opção de executar seus backups em um caminho dentro da pasta do Dropbox.
Como sempre, deve-se testar se você realmente pode restaurar, de preferência de outro computador conectado ao mesmo Dropbox, caso a sincronização com o Dropbox atrapalhe o diretório de backup. Não que deveria, mas você deve testar e verificar, no entanto.