Depois de algumas palavras no bate-papo , aqui está a solução:
sudo rm /etc/alternatives/my.cnf
sudo ln -s /etc/mysql/mysql.cnf /etc/alternatives/my.cnf
Por quê? O arquivo /etc/alternatives/my.cnf
deve ser um link e nada mais.
Essa foi a mensagem de erro:
$ sudo update-alternatives --config my.cnf
update-alternatives: warning: alternative /etc/mysql/mysql.cnf (part of link group my.cnf) doesn't exist; removing from list of alternatives
update-alternatives: error: unable to read link '/etc/alternatives/my.cnf': Invalid argument