Já tentou desactivar o Auto-Mute no AlsaMixer? Isso é o que funcionou para mim.
Eu tenho um Surface Book 2 com inicialização dupla no Windows 10 e no Ubuntu 16.04. Houve um assobio, som de ruído branco vindo do fone de ouvido uma vez que eu liguei meus fones de ouvido, apenas no Ubuntu.