Apenas o Eclipse Oxygen funciona sem alterações com o Java 9 (na verdade, apenas o Oxygen 4.7.1a e posterior)
Lançamentos anteriores exigem que o eclipse.ini seja editado para adicionar a linha
--add-modules=ALL-SYSTEM
na seção -vmargs
do arquivo.
Somente o Eclipse Oxygen tem suporte total para o sistema do módulo Java 9.