Eu finalmente encontrei a resposta para esse problema. Por algum motivo, após a atualização, o Agente de Autenticação do PolicyKit foi removido da minha lista de Aplicativos de Inicialização. Eu encontrei a solução aqui .
Após a atualização, não consigo alterar nenhuma configuração em "Software e atualizações" (por exemplo, remover origens), mas se eu executar no terminal "sudo software-propertis-gtk", altero as configurações normalmente. Parece-me que a caixa de diálogo que pede minha senha de administrador não está funcionando.