Embora este bug ainda não tenha sido resolvido para o 12.04 LTS, existe um hack descrito aqui: comments / 194 "> link
Vá para o PPA mencionado ( não o adicione! ), use o link 'View package details', expanda o 'Source' para mostrar todos os pacotes disponíveis e faça o download do compiz-plugins_...
package para o seu arquitetura. Não instale-o, abra-o com qualquer gerenciador de archive e extraia apenas um arquivo /usr/lib/compiz/libcube.so
dele e coloque esse arquivo em ~/.compiz-1/plugins
(crie esta pasta se ela não existir). Em seguida, reinicie seu sistema e observe o famoso cubo sem flashes de janelas. Testado no Ubuntu 12.04.2, GNOME Classic e Compiz 0.9.7.12-0ubuntu2. Parabéns aos caras que tornaram isso possível.
PS Você também pode corrigir o movimento das janelas para outro rosto de cubo com atalhos, dê uma olhada no meu post aqui: link . Se a ativação do plugin do cubo trava o seu Compiz, você pode ativá-lo no arquivo de configuração, este método também é descrito neste post.