A maior diferença entre diferentes distribuições Linux é o sistema de gerenciamento de pacotes usado. O Ubuntu é muito semelhante ao Debian e usa o sistema de gerenciamento de pacotes Debian (.debs, apt-get etc.). No entanto, existe uma diferença muito maior entre o Ubuntu, o Fedora e o Red Hat, que usam o sistema de gerenciamento de pacotes Red Hat (.rpms, yum, etc.). O ArchLinux usa o gerenciador de pacotes Pacman. Outras distribuições, como o Gentoo, exigem que tudo seja construído a partir da fonte.
As distribuições com um sistema de gerenciamento de pacotes geralmente têm um conjunto diferente de pacotes disponíveis em seus repositórios.
As diferenças mais visíveis são a seleção de aplicativos padrão e os temas e configurações padrão. Estas parecem ser as decisões que causam a maior controvérsia, mas são as mais fáceis de mudar; todas as distribuições são extremamente personalizáveis.
Além disso, as diferentes distribuições têm compatibilidade binária limitada, o que significa que o código-fonte dos pacotes deve ser compilado separadamente para cada distribuição para criar binários nativos.
Você pode ler sobre compatibilidade binária com ela: link