Algumas coisas de thread :
O Chromium - ou qualquer outro navegador - não escolhe qual aplicativo usar para iniciar qualquer aplicativo externo. Ele depende do SO para isso.
Você pode usar gvfs-mime
para reconfigurá-lo novamente se precisar alterar sua configuração anterior
gvfs-mime --set x-scheme-handler/magnet KTorrent.desktop
NB: o KTorrent deve estar disponível. Para mim eu uso dilúvio, então meu comando usa deluge.desktop
, que estava disponível em /usr/share/applications/
Espero que isso ajude.