Desmontar e excluir uma partição é algo completamente diferente.
Se você desmontar uma partição, simplesmente não poderá acessá-la temporariamente. Se você excluir, todos os seus dados acabarão.
E, de acordo com suas capturas de tela, você / media está usando 300 GB. Portanto, há mais do que apenas alguns arquivos ocultos.
Se eu sei direito, sob mídia são seus dispositivos montados. Eu acho que talvez sua partição do Windows esteja montada lá
EDITAR:
O Nautilus provavelmente monta automaticamente seus discos rígidos e partições. Você pode desabilitar isso como descrito aqui Como desativar o automount nas preferências do nautilus .
Ou se este não for o problema, procure no arquivo fstab algo parecido com
more /etc/fstab
Se você vir sua partição indesejada do Windows, apenas comente com um # no início da linha.
Você poderia nos dar um feedback e talvez mais algumas informações sobre o espaço usado de 7GB, há algo que você precisa ou são apenas arquivos ocultos?