Primeiro, você precisa instalar o dconf editor
no Centro de Software. No meu caso ele mostra remove porque eu já instalei ele
Então você precisa abrir dconf editor
via Dash
Em seguida, goto org.gnome.desktop.media-handling
Você encontrará automount
checkbox no lado direito. Desmarque isto
Se você preferir não instalar nada extra em seu sistema. Você pode usar gsettings
para alterar as chaves do dconf.
Para desativar o Nautilus automount, use este comando em um terminal
gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount false
Para habilitar novamente abra um terminal e use este comando
gsettings set org.gnome.desktop.media-handling automount true