Se você quiser apenas rolar a tela e não quiser engajar o "modo mouse" do tmux (o que interferirá na sua capacidade de recortar e colar com o mouse), basta adicionar o seguinte a $HOME/.byobu/.tmux.conf
set -g terminal-overrides 'xterm*:smcup@:rmcup@'
Agora, a rolagem do seu terminal funciona normalmente e você não precisa pressionar nenhuma tecla especial para ativar o mouse. A desvantagem é que o terminal só conhece uma única tela. Você ainda precisará usar o "mouse do mouse" para rolar uma tela que não seja a mais recente (como chegar a um buffer de log de rolagem longa), mas se você quiser apenas rolar para cima para ver o que acabou de sair da tela , isso vai consertar! Também não sabe sobre telas divididas. BTW, o "modo de mouse" pode ser definido automaticamente em seus arquivos de configuração. Você cola com a sua chave de comando (geralmente Ctrl - A ) seguida da tecla]. A seleção do mouse é cortada automaticamente no modo mouse, mas você terá que sair do modo mouse ou pressionar Shift para obter o comportamento normal da área de transferência que permite colar em outro aplicativo GUI.
Recomendação: Como o byobu já usa várias sessões de terminal dentro de si, você não precisa usá-lo com vários terminais. Então, em vez de ter uma tecla de atalho que abre um novo terminal, eu atribuo a minha tecla de acesso "open terminal" à tilda. Tilda drop-down de qualquer espaço de trabalho que você está usando atualmente (mostra em todos os espaços de trabalho) e permanece em execução para que esteja sempre disponível. Isso funciona muito bem com o byobu porque agora eu tenho 1 lugar para todas as minhas sessões de shell (você pode configurar o tilda para rodar o byobu ao invés de um shell normal e executá-lo novamente se você acidentalmente sair do seu shell). Além disso, suas sessões de terminal ultrapassam a sua GUI porque você está usando o byobu. Eu entro no meu sistema com o ssh e automaticamente recebo minha sessão de byobu (ótimo para monitorar compilações, etc) e a janela virtual do byobu é redimensionada para a tela do meu celular. Quando eu reoriento o telefone, a janela do byobu na tela da minha área de trabalho muda com a orientação do telefone - MAGIC! Muito impressionante para os usuários do Windows.
O próximo passo é usar os hacks de terminal do enlightenment para obter uma notificação (da GUI) quando um trabalho de terminal terminar, mas as permissões do dbus o tornam duvidoso. Se alguém conseguir isso trabalhando com byobu, por favor me avise!