Eu resolvi o mesmo erro para compilar as fontes do FFMpeg 2.3.3 no Ubuntu 14.04 LTS. Compilei com sucesso o código depois de definir LD_LIBRARY_PATH
para /usr/lib/x86_64-linux-gnu
e adicionei o marcador -fPIC
a --cc
Meus comandos de compilação de trabalho estão aqui:
LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu
./configure --prefix=.. --enable-shared --enable-gpl --enable-version3 --enable-runtime-cpudetect --disable-outdev=sdl --disable-opencl --enable-libmp3lame --enable-libx264 --cc="gcc -m64 -fPIC" --extra-cflags="-I../include" --extra-ldflags="-L../lib -ldl"
make -j4