Claramente, apt-get (e Synaptic) acham que existe um proxy inexistente em algum lugar.
Tente forçar um proxy único sem proxy com a opção -o , por exemplo:
sudo apt-get -o Acquire::http::proxy=null update
e veja se isso funciona.
Em caso afirmativo, você pode usá-lo para qualquer atualização / instalação de "emergência".
Observe que o arquivo apt.conf está obsoleto e as configurações estão armazenadas em vários arquivos em /etc/apt/apt.conf.d/ . Para resolver esse problema, execute grep -r Acquire /etc/apt/apt.conf.d/* e cole a saída aqui para que possamos ajudá-lo ainda mais.