Vale um tiro:
Muitos teclados têm uma chave para abrir a calculadora, talvez a sua esteja presa.
Para verificar se isto está acontecendo, vá para Sistema → Preferências → Atalhos de Teclado e procure por "Iniciar Calculadora". A chave atribuída deve ser XF86Calculator .
Defina um novo atalho, que você não vai acionar por acidente, e veja se ele ainda está acontecendo.