O Makefile que você está usando não está respeitando a variável DESTDIR - os pacotes nunca devem ser instalados diretamente no / usr no momento da compilação, mas sim colocar os arquivos em uma árvore temporária. Você mencionou que adicionou o Makefile sozinho - o caso usual é que você precisa fazer com que ele use a variável DESTDIR como um prefixo para todos os caminhos de instalação. Tendo olhado para as instruções de compilação do pacote, o pacote usa scons como um sistema de compilação, que é uma substituição das classificações para make. O dh_make provavelmente não tem um template para construir pacotes com isso, então você deve procurar por pacotes que o usem para construção, como o yafray, e veja suas debian / rules
Como as compilações de pacotes nunca são feitas como raiz, é melhor que esse erro seja exibido & amp; corrigido em vez de ter um pacote sobrescrevendo arquivos importantes à medida que o pacote é criado em um sistema de desenvolvedor desavisado.