Não é realmente um problema se você pode fazer isso, é um problema de até onde você está disposto a comprometer sua criptografia.
De qualquer sistema, você pode montar qualquer partição criptografada, como você encontrou. Mas para fazer isso você deve ter credenciais (a senha ou chave para descriptografá-lo). Se você quer que um sistema seja capaz de montar automaticamente algo que é criptografado, então você deve dar a ele as chaves para essa criptografia , e neste caso as soluções mais diretas (e provavelmente as únicas soluções, você para optar por automount) seria para armazenar sua senha em texto simples e tê-lo acessado como parte do boot. A razão para isso é que, quando você faz login, seu sistema deve poder ler algum home/ para você em algum lugar antes de poder fornecer credenciais manualmente, a menos que elas estejam armazenadas em algum lugar vulnerável fora da partição criptografada.
Em qualquer caso, este ponto é discutível. Compartilhar /home entre duas versões principais é uma má ideia - seus dotfiles não serão interpretados da mesma maneira entre duas versões principais e alguma configuração será corrompida ou simplesmente não funcionará da maneira esperada (ou não funciona de todo).
Sugiro que, em vez de compartilhar /home , convém ter uma terceira partição que contenha elementos como documents/ , videos/ , pictures/ , bin/ e quaisquer outros dados de aplicativo que você realmente usar você mesmo, e deixe os arquivos de ponto, configurações, histórico do navegador, etc. separados. Uma maneira fácil de conseguir isso é simplesmente substituir os diretórios de dados do usuário padrão por links simbólicos que apontam para o local de montagem. Então, por exemplo:
sda1 -> mounted at / for 11.04
sda2 -> mounted at / 12.04
sda3 -> encrypted, mounted at /home/you/mnt/ under both
sda3 irá conter seus dados de usuário, então quando você montá-lo, você irá obter
/home/you/mnt/documents
/home/you/mnt/pictures
/home/you/mnt/videos
/home/you/mnt/music
/home/you/mnt/bin
# ...etc
Seus diretórios originais serão substituídos por links simbólicos do formulário:
/home/you/documents -> /home/you/mnt/documents
/home/you/pictures -> /home/you/mnt/pictures
# ...etc.
A montagem de sda3 irá sempre exigir o fornecimento de credenciais extras na primeira vez que você acessar qualquer item dentro dele, mas isso só tem que ocorrer na primeira vez que for montado. Colocar o local de montagem em /etc/auto.master explicitamente em cada sistema deve causar uma solicitação de senha LUKS na primeira vez que você acessar dados - mas a maneira correta de fazer isso pode exigir alguma pesquisa (eu fiz isso apenas no RHEL e Gentoo e não tem idéia de quais são as diferenças no Ubuntu).
Em qualquer caso, o efeito que você está tentando alcançar é certamente uma meta razoável, mas o atalho compartilhando diretamente um diretório inicial criptografado entre as versões principais é muito menos seguro e, em última análise, muito mais problemático do que seu valor.