São todos arquivos de link simples, você pode removê-los com segurança sem afetar os programas instalados.
Então, simplesmente apague-os e você ainda poderá acessar os programas pressionando a tecla Super / windows .
Para removê-los, você pode clicar com o botão direito do mouse sobre eles e escolher excluir, que os envia para a lixeira, ou pode usar o terminal para isso:
# this following command removes all icons from the desktop
# so make sure that is what you want to do (this is not reversible)!
rm ~/Desktop/*
ou se você quiser apenas remover um único arquivo:
rm ~/Desktop/<file-name>.desktop
Você sempre pode recriar esses arquivos arrastando os aplicativos do painel de volta para a área de trabalho, o que criará um novo ícone ou como você os fixou do painel para o encaixe.