Uma maneira Hack-ish para conseguir isso seria descobrir o título da janela que aparece quando há uma chamada recebida e usar o wmctrl para verificar se essa janela está presente.
Você pode escrever um script e usar o cron ou sua própria lógica para executar esse script em intervalos fixos.
Eu não sei o formato do título da janela de chamadas recebidas do Skype, mas o script geral pode ser algo assim (se escrito em python)
#!/usr/bin/python
import subprocess
# Change below line according to skype window title
# You might need to use regex in case the title has usernames
command = r"wmctrl -xl | grep 'Skype - Incoming'"
output = system.exec_command(command, getOutput=True)
if output != "":
# Play sound here
pass