Eu mesmo não uso o Unity, e normalmente não posso aconselhá-lo. Mas aqui está bem claro para mim, que você não quer exibir um espaço de trabalho dentro de outro, mas apenas ter uma janela de aplicativo em cima de outra janela de aplicativo. A Unity simplesmente coloca todos os aplicativos em tela cheia.
A idéia não é nada estranha, na verdade foi introduzida nos anos 60 (8 de dezembro de 1968 no San Francisco Convention Center, assistir a gravação, é incompreensível: link ). Essas chamadas "janelas de aplicativos" existem no software de prateleira pelo menos desde os anos 80. Você pode até tê-los visto em produtos proprietários como o Atari TOS, o MacOS, o OS2, o MS Windows, etc ... A maioria dos ambientes Desktop Linux lidam com eles muito bem.
Com exceção talvez do Unity. Mas tenho certeza que existe uma maneira no Unity de tirar as janelas do modo de tela cheia. Tente pegar a barra de tela superior e puxá-la para baixo, ou tente os botões no canto superior esquerdo de cada janela ou tente clicar com o botão direito em algum lugar ou ... Eu não sei. Como eu disse, eu não uso eu mesmo, mas você provavelmente vai conseguir.
Depois de ter seu player de vídeo no modo janela, você pode arrastá-lo para a borda esquerda e direita da tela para alterar os espaços de trabalho. Você pode clicar com o botão direito na barra de título e comandá-lo para ficar no topo de todas as outras janelas, o que deve ser útil neste caso.