Você pode salvar quais aplicativos são abertos quando você desligar, ativando esta opção:
Automatically remember running applications when logging out
no Sistema - > Preferências - > Aplicativos de inicialização - > Opções
No entanto, isso não lembrará qual espaço de trabalho cada aplicativo estava executando. Para fazer isso você pode usar o plugin compiz "Place Window" para configurar "Windows com viewport fixo" baseado no nome do aplicativo.
% bl0ck_qu0te%Você deve criar uma regra para cada aplicativo, que será aberto na viewport especificada (espaço de trabalho) sempre que for iniciado.