A maneira mais fácil de executar um comando com privilégios de root na reinicialização é colocá-lo na raiz 'cron' usando o @reboot de tempo especial. Para fazer isso, execute o comando:
sudo crontab -e
E adicione uma linha
@reboot /path/to/myprogram.bin
Você pode acrescentar 2>&1 > /path/to/log_file.txt para enviar todas as mensagens de saída e erro para um arquivo de log. Por padrão, os resultados das tarefas agendadas são enviados por email para o usuário root, o que tende a não ser muito útil. Ou você pode configurar seu servidor para encaminhar e-mails raiz para sua própria conta.