Parece que o principal problema é que preciso iniciar brscan-skey como o usuário certo. O que você precisa fazer é iniciá-lo via
$ sudo su
# brscan-skey
Também cometi alguns erros ao editar os scripts de shell (embora isso não esteja diretamente relacionado à questão). Para resumir, o comando real é implementado em /opt/brother/scanner/brscan-skey/brscan-skey . Em /opt/brother/scanner/brscan-skey/brscan-skey-0.2.4-0.cfg , é definido qual script é iniciado quando a opção é escolhida no scanner. Os scripts respectivos estão em /opt/brother/scanner/brscan-skey/script/ , por isso é necessário editá-los se quiser alterar as configurações. Uma descrição é mencionada, e. em link