Isso deve funcionar para você:
gnome-terminal -e "/bin/bash -c 'php \var\scripts\script.php; exec /bin/bash -i'"
É possível que você precise substituir "php" pelo caminho completo para o programa, mas deve funcionar sem isso.
Você também pode usar o argumento "--tab" para abrir novas instâncias em guias em vez de janelas:
gnome-terminal --tab -e "/bin/bash -c 'php \var\scripts\script.php; exec /bin/bash -i'"
Editar: isso pressupõe que o uso de barra invertida não é um erro de digitação; caso contrário, seria assim:
gnome-terminal --tab -e "/bin/bash -c 'php /var/scripts/script.php; exec /bin/bash -i'"