No meu laptop rodando o Ubuntu 16.04, o ponteiro do mouse desaparecia com frequência.
Meu problema era: o ponteiro do mouse parecia desaparecer quando me movi para o lado direito da tela. Então apareceu depois de 3 a 5 segundos depois de mover o mouse para cima, para baixo, para a esquerda e para a direita. Isso foi muito chato quando se trabalha no computador.
A solução foi:
Clique em Dash (canto superior esquerdo) e digite "configurações do sistema".
Clique em "Configurações do sistema", depois em Todas as configurações > Exibe
Se for como no meu caso, você verá uma caixa chamada Unknown Display à esquerda do Built in Display em uma caixa grande com fundo cinza
Clique no display desconhecido e desative-o, desligando o botão logo abaixo da caixa cinza.
Eu encontrei a resposta aqui (Obrigado a Justin Samuel!).